三花猫不一定都是母猫，只是三花公猫十分稀少。三花公猫存在天生的基因缺陷，它们都患有克氏综合征，体内有两条X染色体，这种基因缺陷发作在猫咪身上的机率是十分小的，所以三花公猫是十分稀有的。
三花猫的基因中只有橘色和黑色，白色为显性基因，也就是白色为底色，而橘色和黑色就是基于白色，补充在三花猫身上的。而控制三花猫毛色的基因存在于猫咪的XY染色体上，而正好这对染色体还是决议性别的一对染色体，称之为性联基因，又叫伴性遗传。
在遗传学中，Y染色体只存在于雄性身猫咪喜欢睡在主人身上的原因上，即XX组合，性别为雌性，XY组合失掉的性别为雄性。 当从三花猫母猫那里失掉X，从公猫身上失掉X，那就是XX（即为母猫），可以携带一种或许两种颜色的信息；当从三花猫母猫那里失掉X，从公猫身上失掉Y，那就是XY（即为公猫），只能携带一种颜色的信息。

所以当看到猫咪身上带有橘色和黑色的颜色，再加上白色，那肯定是母猫，这就是三花猫。但公猫不是相对没有的，世界上还会存在三花猫公猫，只是数量很少而已。